经过了几天的努力，终于有了结果。cygwin及cygwin-cegcc-mingw32ce-0.51.0-1都可以直接到sourceforge.net去下载。但版本一定要匹配。否则容易编译不过去。

1.安装cygwin；

2.下载编译器，cygwin-cegcc-mingw32ce-0.51.0-1，解压到cygwin目录下，并将其路径=/opt/mingw32ce/bin加入到PATH中.我的CYGWIN不能执行path,所以我将其目录下的所有文件拷贝到cygwin\\bin下;

3.下载ffmpeg源码后，解压;

4.c:\\cygwin\\opt\\mingw32ce\\arm-wince-mingw32ce\\include\\errno.h中的第11行#ifdef __COREDLL__ 改为 #if 0//def __COREDLL__;

5.进入ffmpeg目录；

6../configure  --target-os=mingw32ce --arch=arm --enable-cross-compile --cross-prefix=arm-wince-mingw32ce- --enable-small --enable-static --enable-shared --disable-encoders --disable-network   --disable-muxers --disable-devices --disable-protocols

7.分别进入libavutil,libavcodec,libavformat,分别make,就可以行到dll与.def文件了。用这两个文件通过lib.exe就可以行到编译用的lib了.

在执行./configure过程中，曾经出现以下报错：
./configure
./configure: line 9: $'\\r': command not found
./configure: line 12: $'\\r': command not found

主要是因为linux的换行符与windows的不同，用工具替换'\\r\\n' -> '\\n'就可以了。